Югио! Тёмная сторона измерений

Полгода прошло с тех пор, как Юги Муто и его друзья одержали победу над Фараоном. Ребята перешли в третий класс старшей школы и теперь размышляют о том, кем станут в будущем. Привычная жизнь продолжается, но Сэто Кайба не собирается оставлять попыток вернуть душу древнего фараона.

Ради этой цели Кайба заново собирает «Головоломку тысячелетия», но его планам мешает таинственный Аигами. Параллельно Сэто разрабатывает новую систему виртуальных дуэлей, которая способна полностью изменить индустрию «Дуэльных монстров». Его деятельность привлекает внимание, и прошлое снова даёт о себе знать.